理由はLightning開発者ガイドで紹介されてるログ出力関数で書いたのと同じ。
JSコントローラ内でエラーが発生すると $A.$warning$ にエラーが渡されるが
$A.$warning$ が $A.$logInternal$ を呼び出しているので PROD,PRODDEBUG モードだとなにも出力されない。
開発中にエラーを握りつぶされるためとても不便。
一応下記のJSで $A.$warning$ を上書きすれば見えるようになる。
$A.$warning$ = function (msg, err) {
console.warn(msg, err);
};